Les écoles doctorales près le F.R.S.-FNRS sont inter-universitaires.
- Philosophie (ED 1)
- Théologie (ED 2)
- Langues, lettres et traductologie (ED 3bis)
- Histoire, histoire de l'art et archéologie (ED 4)
- Art de bâtir et urbanisme (ED 5)
- Information et communication (ED 6)
- Sciences politiques et sociales (ED 7)
- Sciences juridiques (ED 8)
- Criminologie (ED 9)
- Sciences économiques et de gestion (ED 10)
- Sciences de l'éducation et Enseignement (ED 10bis)
- Sciences psychologiques (ED 11)
- Sciences médicales (ED 12)
- Santé publique (ED 12bis)
- Sciences vétérinaires (ED 13)
- Sciences dentaires (ED 14)
- Sciences biomédicales et pharmaceutiques (ED 15)
- Sciences de la motricité (ED 16)
- Sciences (ED 17)
- Sciences agronomiques et ingénierie biologique (ED 18)
- Sciences de l'ingénieur et technologie (ED 19)
- Art et sciences de l'art (ED 20)
- Arts du spectacle et technique de diffusion et de communication (ED 25)
Chaque école doctorale près le F.R.S.-FNRS est placée sous la responsabilité d'un Conseil scientifique (cf. Règlement organique - ED).
Les membres de ce Conseil sont désignés par le CA du F.R.S.-FNRS sur proposition des recteurs.
Chaque institution universitaire habilitée dans le domaine au sens du décret doit être représentée par un membre.
Les Responsables des EDs/EDTs devront faire parvenir un rapport annuel au F.R.S.-FNRS selon des modalités pratiques qui seront spécifiées en temps opportun.